Mateusz Kowalski violę da gamba studiował w Krakowskim Konserwatorium im. W. Lutosławskiego (u Kazimierza Pyzika) oraz w Akademii Muzycznej im. Krzysztofa Pendereckiego w Krakowie (u Marcina Zalewskiego). W 2009 roku uzyskał w tej uczelni dyplom z wyróżnieniem. Swoje umiejętności doskonalił również w Królewskim Konserwatorium w Hadze, kształcąc się u Philippa Pierlot i Rainera Zipperlinga oraz we Francji u Marianne Muller.
Jest członkiem zespołu Floripari, którego siedzibą jest Zamek Królewski na Wawelu. Występuje również w kilku innych formacjach muzyki dawnej w Polsce – Ars Cantus, Capella Cracoviensis, Cracow Singers, w międzynarodowym Ensemble Barocum, litewskim Brevis Consort oraz słowackim Le Nuove Musiche. Współpracuje również baletem dworskim Cracovia Danza. Z zespołami tymi, jako kameralista i solista, występuje w Polsce i za granicą (m.in. Holandia, Szkocja, Hiszpania, Włochy, Słowacja, Ukraina, Bułgaria, Australia). Wraz z gambowym triem Gambasada zajął pierwsze miejsce na Międzynarodowym Konkursie Kameralnych Zespołów Muzyki Dawnej – Żory 2012. Od 2013 uczy gry na violi da gamba w Akademii Muzycznej im. K. Pendereckiego w Krakowie. W roku 2020 w swojej macierzystej uczelni uzyskał tytuł doktora sztuk muzycznych.
Swoją przygodę z muzyką dawną rozpoczynał w Bractwie Lutni z Dworu na Wysokiej, wokalnej grupie prowadzonej przez lutnistę, Antoniego Pilcha. Z zespołem tym koncertował w kraju i za granicą – m.in. Festiwal d’Ile de France, reprezentacja Województwa Małopolskiego na wystawie Expo Hanower ‘2000, koncerty na zaproszenie Konsulatu Polskiego w Barcelonie, trzykrotny udział w Festiwalu Trialogos w Tallinie (współpraca z estońskim Linnamusikud i rosyjskim Sirin).
Od 1997 r. prowadzi wokalny zespół Perfugium, którego głównym polem zainteresowań jest polifonia renesansowa oraz tradycyjne pieśni Kościoła w Polsce. Z zespołem tym wydał sześć płyt CD.